Vá em Configurações > CloudFlare e Adicione as informações da sua conta.

Pegue as inforações na cloudflare de acordo com a imagem abaixo:

Após essa integração vá em Configurações > Domínios e Cadastre o domínio que sua loja irá usar.

Selecione sua conta CloudFlare, os domínios cadastrados lá e sua loja.

Seu subdomínio cadastrado ficará listado.